En Afrique australe, de l’Est et dans l’océan Indien, l’IRD intervient dans des contextes continentaux et insulaires contrastés en termes de développement et conjugue de nombreuses thématiques scientifiques, telles que les sciences marines, le changement climatique, la santé, l’environnement et les sciences sociales. L’institut s’inscrit dans une logique de coopération régionale impliquant ses implantations dans les territoires d’outre-mer français, ainsi que des collaborations sud-sud.