La zona del Pacífico se caracteriza por su excepcional biodiversidad y por ser especialmente sensible a los cambios globales. En este ámbito, el IRD cubre diversas disciplinas: oceanografía, recursos naturales terrestres y marinos, minas y riesgos naturales, salud, sociedad y medio ambiente, etc. El Instituto cuenta con dos representantes en esta zona, en Nueva Caledonia y la Polinesia Francesa.