S’appuyant sur un réseau dense et varié de partenaires scientifiques l’IRD inscrit son action dans une logique de coopération régionale. L’Institut y jouit d’une présence ancienne et reconnue, notamment auprès des agences nationales de financement. Les recherches de l’IRD portent sur les changements globaux, la gestion durable des ressources et territoires, les mobilités et les biotechnologies en Méso-Amérique, les dynamiques urbaines etc.
Début septembre 2016, l’IRD et l’Institut Géophysique du Pérou en association avec l’Université César Vallejo, ont organisé à Tarapoto la première conférence internationale sur le karst au Pérou. Cette conférence a rassemblé 200 participants originaires d’une dizaine de pays. Après la conférence, une expédition scientifique d’une dizaine de chercheurs français, péruviens et brésiliens, a eu lieu sur le massif karstique du Cerro Blanco. Ce massif calcaire du piedmont andino-amazonien, véritable château d’eau de la région, héberge une extrême biodiversité de surface et souterraine. Dans son prolongement, une expédition scientifique pluridisciplinaire aura lieu en 2017.
L'année 2016 a marqué le 280ème anniversaire de la première mission géodésique française conduite en 1736 par trois membres de l'Académie des Sciences française. La troisième mission géodésique a été initiée par les chercheurs en géosciences de l’IRD et leurs partenaires français et équatoriens il y a 25 ans. Une équipe de chercheurs français et équatoriens a réalisé, en février 2016, la mesure exacte, au centimètre près, du sommet du volcan Chimborazo, confirmant que ce sommet est bien le point le plus éloigné du centre de la Terre.
Dans le cadre du programme de renforcement du Service National de Météorologie et d’Hydrologie (SENAMHI) en Bolivie, l’IRD est associé à Météo France Internationale pour le renforcement des capacités opérationnelles de l’institution notamment en matière d’hydrologie.
Un système d’alerte précoce de crues a été mis en place avec notamment les données générées par l’observatoire Hybam.
La Troisième conférence des Nations unies sur le logement et le développement urbain durable (Habitat III) s'est tenue à Quito (Équateur) du 17 au 20 octobre 2016.
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